衞生署衞生防護中心於2004年6月成立，標誌著香港的公共衞生系統進入新里程。中心的成立，全賴各方積極參與和支持。在籌備過程中涉及多項工作，首先要全面分析香港特區現有的衞生防護架構及程序、找出須予改善之處及評估不同的解決方案，務求新設立的衞生防護中心能提供最適切的服務。

在建立香港公共衞生系統的能力方面，衞生防護中心一直擔當重要的角色，全力應付公共衞生的各項重大挑戰。在日常工作方面，中心利用資訊科技，致力於擴大疾病監測網絡、加強感染控制、提升化驗診斷能力、進行風險通報及健康促進活動、發展應用研究及培訓計劃，以及擬定緊急應變計劃。預防非傳染病亦是中心的重要使命。這方面的工作包括對非傳染病進行監測，以及推廣健康生活模式及其他鼓勵市民健康生活的措施。

要防疫護港，衞生防護中心不能獨力行事。除了日常運作以外，中心會與相關各方建立伙伴合作關係，並邀請不同的專業人員，參與針對特定疾病及健康威脅的計劃。